果阿最早的历史可追溯至公元前3世纪，但其传奇的历史，却是以1498年第一个欧洲人瓦斯科·达·伽马初临果阿为起点。当时达·伽马正需要在印度找寻一处贸易航线中的落脚点，他首先于今天印度喀拉拉邦的科泽科德登陆，其后转至今日的“老果阿”地区。其时由印度至欧洲的传统陆上香料贸易路线被奥斯曼帝国所中断，而葡萄牙的目标，是在印度成立一个殖民地，以垄断印度至欧洲的海上香料贸易。1510年，葡萄牙的舰队司令亚丰素雅布基(Afonso de Albuquerque)击败对当地土官首领Timayya拥有主权的旁遮普土王，占领了果亚旧城(Velha Goa)。有别于葡萄牙于印度沿岸其他的占领飞地，葡萄牙不单要在果阿屯兵，还希望将果阿建设成为一处殖民地及海军基地。

　　根据果阿宗教法庭 (1560–1812)的命令，很多居住在果阿的本地人都被传教士强迫改信基督教。成千上万的居民为了逃避质问和侵扰，都纷纷在邻近的Karnataka邦Mangalore和 Karwar定居。当16世纪其他欧洲列强抵达印度时, 大部分葡萄牙属地被英国和荷兰抢走.在印度的葡萄牙属地只剩下沿着印度西海岸少数几个飞地, 果阿是其中最大的一个，而且很快成为最重要的海外属地，并被赋予与里斯本同样享有的地位特权。葡萄牙鼓励与本地妇女通婚,在果阿定居,成为农夫,商贩或工匠.这些已婚男子很快成为特权等级, 果阿也因此拥有相当数量的欧亚混血儿人口。随后，议事会成立，以维持与葡萄牙国王的联系。1843年，果阿的首府从果阿旧城迁往Panjim。直到18世纪中叶，占领范围扩张至今天果阿大概的管辖范围。

　　印度于1947年独立后，即提出要取将以果阿为主的葡属印度移交印度，但葡萄牙没有答应印度的要求。1961年12月12日，印度部队开入（葡方称为“入侵”、印方称为“解放”）果阿及另外两个葡属印度地区达曼和第乌，经过26小时小规模的战斗后占领果阿。初时三地共组成为印度的一个联邦属地，至1987年5月30日果阿升格为印度第25个邦，而达曼—第乌则继续保持为一个联邦属地。而葡萄牙方面一直至1974年“四二五革命”后方正式承认印度对果阿的主权。